Uma função importante da PDHJ é de receber e de investigar as queixas contra os órgãos do Estado em relação às violações de direitos humanos e de boa governação. Isso incluem os hospitais, as escolas, o governo local, as forças policiais, as forças militares e qualquer funcionário empregado pelo Governo ou pelas autoridades do Estado Timorense.
Depois da receção de queixa, O Provedor de Direitos Humanos e Justiça vai dar respostas ao queixoso e abrir uma investigação preliminar para decidir se a queixa possui razões suficientes à investigação e/ou mediação posterior. Se não, a queixa será encerrada e sem acções posteriores a ser tomadas.
Como resultado das investigações e recomendações da PDHJ, há já um número de resultados (outcomes) positivos incluindo as pessoas sob a detenção da polícia e tantas outras áreas. Os que se encontram praticando acções impróprias já tinham sido submetidos às sanções criminais e administrativas.
Como uma nova instituição nesse país cuja maioria da população reside nas áreas rurais, a PDHJ dedika recursos significativos à educação e extensão de modo a assegurar que a comunidade seja esclarecida sobre o seu papel e que seja empoderada sobre a apresentação de queixas se for necesário.
Todas as pessoas residentes em Timor-Leste podem apresentar as suas queixas ao Provedor de Direitos Humanos e Justiça.
A PDHJ é prevenida por lei em accionar sobre os casos donde:
- Não há nenhum envolvimento, por omissão ou por acção, de uma autoridade pública; isto é, a causa da queixa é um problema tanto individuais como privados (por exemplo disputa de propriedades, divórcio, etc.)
- As decisões do tribunal ou processos judiciais
- Investigar o exercício das funções legislativas, tais como os esboços de leis.