A PDHJ é uma instituição recentemente estabelecida, cuja história demonstra as diferentes fases de criação e de fortalecimento duma forte INDH e Provedoria num país pós-conflito como Timor-Leste.
O Provedor de Direitos Humanos e Justiça foi estabelecido pela Constituição da República Democrática de Timor-Leste em Maio de 2002, sublinhando a importância duma forte protecção de direitos humanos num Timor-Leste independente.
Dois anos depois, em 20 de Maio de 2004, o Estatuto que providencia a base legal necessária ao funcionamento da Provedoria entrou em vigor (Lei No 7/2004 de 20 de Maio).
Depois de a primeira tentativa para eleger o primeiro Provedor não ter assegurado os dois-terços necessários da maioria parlamentar, foi feita uma segunda votação em Março de 2005, com sucesso.
O primeiro Provedor, Dr. Sebastião Ximenes, foi empossado em Junho de 2005. Dois Provedores-Adjuntos foram depois apontados e empossados no mesmo mês.
Em Março de 2006, a Provedoria (PDHJ) abriu as suas portas ao público pela primeira vez, depois da conclusão dos serviços preparatórios do seu funcionamento.
Em Maio de 2006, Timor-Leste enfrentou uma crise política e militar, a qual levou a que quase um terço da sua população viesse a tranformar-se em deslocados internos. A PDHJ empreendeu uma monitorizaçãoa intensiva dos serviços policiais e militares, tratou da protecção aos deslocados internos e levou a cabo uma investigação profunda à legalidade das acções praticadas pelos órgãos do Estado.
O Presidente da República Democrática de Timor-Leste, o Primeiro Ministro e o Ministro dos Negócios Estrangeiros foram citados como testemunhas perante o Provedor de Direitos Humanos e Justiça a fim de providenciar informações necessárias em relação às acções praticadas pelas instituições do Estado antes e depois da crise de Maio de 2006.
Em 2007, a Provedoria recebeu acreditação internacional do Comité Coordenador Internacional (CCI) para as Instituições Nacionais de Direitos Humanos como reconhecimento à PDHJ pela sua plena conformidade com os Princípios de Paris como órgão independente e imparcial com amplos poderes para promover e proteger os direitos humanos.
A acreditação do CCI deu à PDHJ um estatuto especial perante os órgãos das Nações Unidas e os demais mecanismos de direitos humanos internacionais, permitindo a sua intervenção directa no Conselho de Direitos Humanos e nas demais agências das Nações Unidas.
Em Julho de 2009, o Parlamento Nacional estabeleceu uma Comissão Anti-Corrupção (CAC) como uma instituição especializada, equipada com poderes policiais, para enfrentar os problemas da corrupção. Consequentemente, os aspectos relacionados a corrupção no mandato da Provedoria foram transferidos para a nova Comissão.
Em Abril de 2010, o Dr. Sebastião Dias Ximenes foi reeleito para um segundo mandato de quatro (4) anos.
Durante os anos de 2010 e 2011, a PDHJ empreendeu uma larga consulta, com a comunidade Timorense e com as partes interessadas, para desenvolver o seu plano estratégico de médio prazo. Essa consulta envolveu workshops e encontros públicos. O Plano Estratégico final de 2011-2020 foi aprovado pelo Provedor e publicado no início de 2011.
A PDHJ possui um número de redes de serviços com as instituições homólogas – tanto as INDH como também as Provedorias – incluindo a Associação das Provedorias Asiáticas em 2011 e as Redes de Serviços das INDH da Comunidade de Países de Língua Portuguesa (CPLP) em 2013.
Em 2013, o Provedor de Direitos Humanos e Justiça presidiu à Rede de Serviço do Sudeste Asiático das INDH, a que se juntou em 2010, mostrando a sua capacidade em liderar uma rede de serviço regional das instituições suas homólogas.
No final do ano de 2013, a PDHJ foi re-acreditado como uma INDH com plena conformidade com os padrões internacionais, assim mantendo o seu estatuto “A”.
O Provedor e a Provedoria continuam a crescer mais fortes e a desenvolver a sua capacidade institucional. O resultado será o de uma protecção mais forte e de uma comunidade mais bem informada sobre direitos humanos e boa governação.