A Estrutura Organizacional da Provedoria é providenciada em conformidade com a Orgánica da Provedoria.
Liderada pelo Provedor e os seus Adjuntos, a PDHJ tem um Gerente Sénior que é o Diretor-Geral, que supervisiona as quatro direções nacionais, como as seguintes:
A Direção de Assistência Pública: O principal ponto de contacto com o público, recebe e processa queixas.
A Direção de Direitos Humanos: Implementar o tratamento de casos, monitoria, promoção e educação em relação ao seu mandato de direitos humanos.
A Direção de Boa Governação: Implementar as funções relativas à boa governação, incluindo questões relativas à má administração e legalidade das acções públicas.
A Direção de Administração e de Finanças: Providenciar recursos financeiros, humanos, relações públicas, logísticas e serviços de aprovisionamento para o efectivo funcionamento da PDHJ.
A PDHJ possui tambêm um Departamento de Advocacia Jurídica, Inspectoria e biblioteca.
A estrutura organizacional é ilustrada abaixo:
A PDHJ posui quatro Sedes Regionais em todo o território de Timor-Leste, que lhe permite estár mais próximo à comunidade e de implementar as suas atividades numa maneira descentralizada. Cada Sede Regional posui uma responsabilidade específica sobre uma área geográfica específica.
Sede Regional em Baucau: Cobre os distritos de Baucau, Lautêm, Manatuto e Viqueque
Sede Regional em Oecusse: Cobre o distritu de Oecusse
Sede Regional em Same: Cobre os distritos de Manufahi, Ainaro e Covalima
Sede Regional em Maliana: Cobre os distritos de Bobonaro, Ermera e Liquiçá.
Os distritos de Dili e Aileu são cobertos pela Sede de Dili.